SMOTE是一种综合采样人工合成数据算法,用于解决数据类别不平衡问题(Imbalanced class problem),以Over-sampling少数类和Under-sampling多数类结合的方式来合成数据。本文将以Nitesh V. Chawla(2002)的论文为蓝本,阐述SMOTE的核心思想以及实现其朴素算法,在传统分类器(贝叶斯和决策树)上进行对比算法性能并且讨论其算法改进的途径。
类别不平衡是一种在分类器模型训练过程中常见的问题之一,如通过大量胸透图片来学习判断一个人是否有癌症,又如在网络流日志中学习检测可能是攻击行为的数据模式,这一类的任务中都是正常的类多于异常(诊断属于癌症,属于攻击行为)的类,在类别不平衡数据下训练出来的分类器要非常的小心,即使该分类器拥有很高的精度,因为它很可能会习得大部分的都是正常的,而我们可能需要的是它能够最大程度的识别异常行为,哪怕精度低于前者。
为了解决这一问题,业内已经有以下5种公认的方法去扩充数据集[1],以至于类别均匀:
本文要介绍的SMOTE算法就是一种综合1,3方法的改进方式,它以每个样本点的k个最近邻样本点为依据,随机的选择N个邻近点进行差值乘上一个[0,1]范围的阈值,从而达到合成数据的目的。这种算法的核心是:特征空间上邻近的点其特征都是相似的。它并不是在数据空间上进行采样,而是在特征空间中进行采样,所以它的准确率会高于传统的采样方式。这也是为什么到目前为止SMOTE以及其派生的算法仍然是较为主流的采样技术的原因。
如上图所示,假设数据点A在特征空间上有4个邻近点,若N为2,则SMOTE会随机选择其中2个邻近点B,C,分别计算A->B, A->C的距离,如图中绿线和红线所示,在绿线或红线上的所有采样点都是合理的,如点A1。为了确保数据点尽可能的多样(不重叠),故乘上一个[0, 1]之间的随机因子。
本文将会在第2章根据SMOTE的核心以及其伪代码实现该算法,并应用在测试数据集上;第3章会使用第三方imbalanced-learn
库中实现的SMOTE算法进行采样,以验证我们实现的算法的准确性,当然这个库中的算法要优于朴素的SMOTE算法,之后我们会以决策树和高斯贝叶斯分类器为工具,对测试原始数据、应用我们所实现的SMOTE采样后产生的数据以及应用第三方库SMOTE产生的数据三者分别产生的数据集进行性能比较;第4章会讨论朴素SMOTE算法更加鲁棒和表现更好的优化途径;第5章是对本文的总结。
下图是在SMOTE论文中提出的伪代码,由两个函数SMOTE(T, N, K)
和Populate(N, i, nnarray)
组成。
SMOTE
负责接受要采样的类数据集X,返回一个经过SMOTE采样后的数据集,大小为(N/100)*T
,函数有三个参数,分别是T: 需要处理的数据集X的样本数量; N: 采样比例,一般为100, 200, 300等整百数,对应即1倍,2倍,3倍;K: 为采样的最近邻数量,论文中默认为5
。SMOTE
代码思想非常简单,扫描每一个样本点,计算每一个样本点的K个最近邻,将每一个最近邻样本点的索引记录在nnarray
中,之后传入Populate(N, i, nnarray)
中即完成一个样本点的采样。
Populate
则负责根据nnarray
中的索引去随机生成N
个与观测样本i
相似的样本。该函数会计算随机邻近点nn
与观测样本i
点的每一个特征之间的差距dif
,将其差距乘上一个[0, 1]随机因子gap
,再将dif*gap
的值加上观测点i
即完成了一个特征的合成。
在Python中实现如下:
注:为了保证本文中所有代码的可复现性,设置的random_state
均为666
def NaiveSMOTE(X, N=100, K=5): """ {X}: minority class samples; {N}: Amount of SMOTE; default 100; {K} Number of nearest; default 5; """ # {T}: Number of minority class samples; T = X.shape[0] if N < 100: T = (N/100) * T N = 100 N = (int)(N/100) numattrs = X.shape[1] samples = X[:T] neigh = NearestNeighbors(n_neighbors=K) neigh.fit(samples) Synthetic = np.zeros((T*N, numattrs)) newindex = 0 def Populate(N, i, nns, newindex): """ Function to generate the synthetic samples. """ for n in range(N): nn = np.random.randint(0, K) for attr in range(numattrs): dif = samples[nns[nn], attr] - samples[i, attr] gap = np.random.random() Synthetic[newindex, attr] = samples[i, attr] + gap*dif newindex += 1 return newindex for i in range(T): nns = neigh.kneighbors([samples[i]], K, return_distance=False) newindex = Populate(N, i, nns[0], newindex) return Synthetic 复制代码
这里没有采用矩阵运算,而是完完全全的按照论文中的方式复现(所以称为NaiveSMOTE),其中最近邻的计算我们使用scikit-learn
提供的NearestNeighbors
类完成。
接下来我们使用scikit-learn
中的make_classification
来生成测试分类数据集,模拟不平衡类数据,当然有兴趣的读者也可以去寻找论文中所使用的数据集。
from sklearn.datasets import make_classification X, y = make_classification(n_samples=500, n_features=9, n_redundant=3, weights=(0.1, 0.9), n_clusters_per_class=2, random_state=666) # 为了可复现性 print(X.shape, y.shape) # ((500, 9), (500,)) # 查看y的各类样本数 print(view_y(y)) # class 0: 50 class 1: 450 复制代码
原数据集的分布如下图所示,其中红色圆圈为正类即少数类,蓝色×为负类即多数类。
将我们实现的NaiveSMOTE
应用在此测试数据上:
X_over_sampling = NaiveSMOTE(X[y==0], N=800) print(X_over_sampling.shape) # (400, 9) 新增了400个样本 # 将合成数据与原数据集合并 new_X = np.r_[X, X_over_sampling] new_y = np.r_[y, np.zeros((X_over_sampling.shape[0]))] print(new_X.shape, new_y.shape) # ((900, 9), (900,)) print(view_y(new_y)) # class 0: 450 class 1: 450 复制代码
接下来我们将原数据集与经过NaiveSMOTE
合成后的数据集进行比对:
可以很清晰的看见原来的类增大至一个满意的水平,并且生成的类之间距离都相距不远。
本章我们将引入第三方库imbalanced-learn中提供的SMOTE
类与依据论文实现的NaiveSMOTE
进行比较。两者都是基于同一个论文的思想去实现的,只是第三方库中实现的SMOTE
更为鲁棒,并且能够综合考虑所有的类,是一种完全意义上的Combination of Over-sampling minority class and Under-sampling majority class
技术。因此我们引入它只为了验证我们所复现的方法的准确性。
from imblearn.over_sampling import SMOTE sm = SMOTE(random_state=666) X_res, y_res = sm.fit_resample(X, y) # 即完成了合成 print(X_res.shape, y_res.shape) # ((900, 9), (900,)) 复制代码
下图对比imblearn
的SMOTE
与我们复现的NaiveSMOTE
生成的数据集:
能看出NaiveeSMOTE
合成的数据更加倾向于中部,而第三方的SMOTE
能够综合考虑全局情况下方区域生成的数据要比NaiveSMOTE
的多。
接下来我们使用DecisionTree
和GaussianNaive
来验证3个数据集(原数据集、NaiveSMOTE合成的数据集和第三方SMOTE合成的数据集)的ROC曲线,具体代码见附录中的Notebook
文件
原数据的ROC曲线
NaiveSMOTE生成的数据的ROC曲线
第三方SMOTE生成的数据的ROC曲线
可以看出NaiveSMOTE
与imblearn
的SMOTE
生成的数据的AUC
面积均大于原始数据的面积。imblearn
的SMOTE
生成的数据在GaussianNaiveBayes
分类器上的表现要好于NaiveSMOTE
所生成的数据训练出来的分类器。
这部分我们从NaiveSMOTE
的三个方面进行优化讨论:
处理速度。
NaiveSMOTE
中有许多处都可以改成使用矩阵运算的方式,这样会提高数据处理的速度。并且Populate
函数也显得非常冗余,可以用矩阵运算将其改写。
全局合理性。 全局合理性包括两个方面:合成数据比率的合理性和合成数据在全局的合理性。
合成数据比率的合理性:在NaiveSMOTE
中可以知道样本的数量有N
合成比率来控制,只能合成其整数倍,本文中使用的数据集恰好是1:9
,只要合成原始数据的8倍即可是两类都到达一个相对数量同等的水平,但是在现实数据集中大部分都不具备成倍的数量关系,因此可以考虑更换一个更好的生成比率,使得每个类均能处于相对数量近似的水平,避免出现合成后的原少数类变多数类的情况。
合成数据在全局的合理性:回想在NaiveSMOTE
与imblearn SMOTE
各自合成的数据对比中可以发现,NaiveSMOTE
更加容易使得合成的数据聚集在某一样本点附近,而imblearn SMOTE
所合成的数据更为稀疏且分布均匀,更加接近原始数据的概率分布。其原因在于NaiveSMOTE
在进行合成时只考虑原始的数据样本,没不考虑合成后的数据样本会如何影响全局数据。可以考虑在每次合成数据后将其加入数据集,在处理过程中将合成数据也加入考虑范围。
鲁棒性。
不难发现NaiveSMOTE
仅能够处理数值型的数据并且其距离计算公式很有可能产生误解。在现实中有许多非数值型的数据,如性别
, 职业
等等。当然可以将其全部重新编码成可以应用数值处理的数据,如将性别进行OneHot
编码,但是此时的距离计算公式就会出现误解,可以考虑更换为欧氏距离、曼哈顿距离或者马氏距离等。
Note:在对性别进行OneHot
编码时情况如下:
男性: 0 1 女性: 1 0 复制代码
如果按照NaiveSMOTE
原始的距离计算公式,很有可能会将其理解为男性和女性的差距为1,因此产生误解。
本文对三种数据进行对比,经过NaiveSMOTE
和imblearn SMOTE
合成后的数据在传统分类器上的表现均好于原始数据(即不做任何修改),且imblearn SMOTE
在鲁棒性上要高于NaiveSMOTE
。讨论NaiveSMOTE
的不足与其可能的优化方向。建议在实际应用中优先考虑鲁棒性更高的imlearn SMOTE
而不是自己造轮子,imblearn SMOTE
的实现更加符合主流标准。但不能因此就忽略了NaiveSMOTE
的意义,任何的优化有必要要基于原有的基础。理解NaiveSMOTE
才能去更好的使用和优化它。