网络上能够搜索到的，一般都是生成pof，使用AS接口进行固化。

手头有个板子，只有JTAG接口，折腾半天，记录一下。

首先需要感谢一下  石头弟弟的帖子，详见关于怎么将Quartus和Nios程序一起固化到FPGA里面 - 我是三个石头 - 博客园 (cnblogs.com)https://www.cnblogs.com/stone-wang/p/6057406.html

1、将Quartus生成的.pof文件（配置Flash即可自动生成，这里不讨论），与Nios生成的.elf文件（在sofeware文件夹的工程目录里面）拷贝到同一个文件夹，我这里将两个文件拷到D盘的jic新建文件夹里面.

2、在jic文件夹中新建一个后缀为.sh的文件，这里采用记事本新建一个my.sh

3、双击打开，复制输入以下代码。

sof="test.sof"

elf="master.elf"

echo "sof>flash ..."; sof2flash --epcs --input=$sof --output=sof.flash --quiet

echo "elf>flash ..."; elf2flash --epcs --after=sof.flash --input=$elf --output=elf.flash

echo "cat flash ..."; cp sof.flash sof_elf.flash; cat elf.flash >> sof_elf.flash

echo "flash>hex ..."; nios2-elf-objcopy --input-target srec --output-target ihex sof_elf.flash sof_elf.hex

echo "del flash ..."; rm -f *.flash

4、使用window的搜索功能搜索Command Shell，打开

（貌似对版本要求不高，我的sof和elf文件都是7.2的版本，此处使用的13.1版本）

5、输入：用cd命令寻找到刚刚新建的my.sh（cd是功能自行去了解，或者将上述JIC文件放入此处默认位置）

6、查看jic文件夹发现多了一个sof_elf.hex文件，等一下用。

7、打开Quartus（此处需要与nios版本保持一致，即上述的command shell），File > convert Programming Files.. 。选择Configuration device,这里选择EPCS16，先删除SOF文件，再ADD Device添加FPGA器件，然后添加刚才生成的sof_elf.hex文件，点击Generate，即可生成JIC文件。

 8、使用JTAG模式，将JIC文件固化到FLASH，断电重启，即可发现NIOS系统已经正常运行。