Linux教程

Linux环境下ANTs软件安装(基于源码)

本文主要是介绍Linux环境下ANTs软件安装(基于源码),对大家解决编程问题具有一定的参考价值,需要的程序猿们随着小编来一起学习吧!

Linux环境下ANTs软件安装(基于源码)

    • 1.下载Cmake
      • (1)在命令行里运行:
    • 2.ANTs安装
      • (1)在命令行里运行:
      • (2)编译完之后如果在 antsbin 目录下出现 bin 目录,则可以进行下一步了,若没有 bin 目录,需要自己建立 bin 目录,并把三个地方的文件拷贝进去,具体做法如下:
      • (3)设置环境变量,更改.bashrc或.profile文件
    • 3.ANTs的使用

以下教程参考:
医学图像配准软件 ANTs(Advanced Normalization Tools)的安装和使用说明
LInux环境下ANTs软件安装

1.下载Cmake

(1)在命令行里运行:

cmake --version 

如果提示没有安装cmake,则按照提示命令输入安装cmake

2.ANTs安装

(1)在命令行里运行:

git clone git://github.com/ANTsX/ANTs.git  #从github上克隆相应的仓库,保存在当前目录下的ANTs文件夹下
mkdir antsbin  #创建antsbin文件夹
cd antsbin  #进入antsbin文件夹
ccmake ../ANTs  #进入cmake界面,然后依次按下'C'键,稍作等待,再按下'C'键和'G'键,分别完成设置和生成后回到命令行
make -j 4  #进行编译,需要运行较长时间

可能出现的问题
A.在Terminate出现新的命令之后,输入c进行配置,将参数SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL,BUILD_TESTING,RUN_LONG_TESTS,RUN_SHORT_TESTS置为OFF,重新点击c,没有报错之后输入g生成
B.在输入c之后出现Could not find ZLIB通过安装ZLIB包即可:

sudo apt-get install zlib1g-dev

重新点击c进行配置

(2)编译完之后如果在 antsbin 目录下出现 bin 目录,则可以进行下一步了,若没有 bin 目录,需要自己建立 bin 目录,并把三个地方的文件拷贝进去,具体做法如下:

#在 antsbin 目录下
mkdir bin #在antsbin下建立bin目录
cp ./ANTS-build/Examples/* ./bin # 将ANTS-build/Examples下的文件复制到bin目录中
cp ./staging/bin/* ./bin #将staging/bin下的文件复制到bin目录中
cp ../ANTs/Scripts/* ./bin #将ANTs/Scripts下的文件复制到bin目录中

(3)设置环境变量,更改.bashrc或.profile文件

cd ~  #回到home文件夹下
vi ~/.bashrc  #打开vi进行编辑,按'i'进入插入模式,并在文档末尾插入以下内容
export ANTSPATH=/home/username/antsbin/bin/
export PATH=“$ANTSPATH:$PATH” 
#以上路径要和真实路径一致,然后依次按'ESC'键,'Shift'+':'键,'w'键和'q'键,然后回车保存并退出
source ~/.bashrc  #激活相应的环境配置

以上设置环境变量的方法其实也可以直接在home下打开bashrc文件,在最后加上

export ANTSPATH=/home/username/antsbin/bin/

3.ANTs的使用

在 ANTs/Scripts 路径下有各种各样的 .sh 文件,较为常用的有antsRegistrationSyN.sh 等,为了方便调用可以将 .sh 文件的路径添加到环境变量中去:

vi ~/.bashrc  #打开.bashrc文件并在末尾添加以下内容
export PATH=$PATH:/home/username/ANTs/Scripts
#保存并退出
source ~/.bashrc  #使环境变量生效

同2(3)一样,也可以用另一种方法,即在home下打开bashrc文件,在最后加上

export PATH=$PATH:/home/username/ANTs/Scripts

然后直接在命令行使用 antsRegistrationSyN.sh ,如果给出该命令的使用方法,则配置成功,如果给出报错信息则配置失败。例如,antsRegistrationSyN.sh的使用如下:

antsRegistrationSyN.sh -d 2 -f fixed_img.jpg -m moving_img.jpg -o output

配准结束后输出5个文件,默认在你打开终端的位置(找不到可以在home找找):
配准后输出的5个文件

output0GenericAffine.mat , output1Warp.nii.gz 分别表示线性变换和非线性变换估计出的映射关系,outputWarped.nii.gz 表示将 moving_img.jpg 配准到 fixed_img.jpg 后的图像,outputInverseWarped.nii.gz 表示将 fixed_img.jpg 配准到 moving_img.jpg 后的图像。

这篇关于Linux环境下ANTs软件安装(基于源码)的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对大家有所帮助,也希望大家多多支持为之网!