计算机辅助药物设计和GROMACS开展训练
内容大致为生物分子相互作用、蛋白相关分析、同源建模、化合物、AUTODOCK或薛定谔、虚拟筛选、预测蛋白、构效关系、MOE碎片药物设计、蛋白质结合自由能计算、水溶性蛋白等
结合您研究看看是否对您有所帮助
实例讲解与练习：
· （1）尼洛替尼与靶点的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并导出结合模式图
· （2）Bcr/Abl靶点的PDB结构叠合
· （3）制作蛋白相互作用动画
· （4）针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物，制作蛋白-蛋白相互作用图
· （5）用2019-nCoV spike蛋白序列建模，根据相应参数和方法评价模型
· （6）分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA等分子
· （7）针对1IEP完成半柔性对接、柔性对接
· （8）对1IEP晶体复合物完成虚拟筛选，并对结果进行分析
· （9）ZDOCK模拟2019-nCoV的spike蛋白6VXX和ACE2蛋白晶体结构的相互作用
· （10）搜集Imatinib或Bcr/Abl同靶点抑制剂小分子的类似物结构及其活性值，分别构建COMFA与COMSIA模型，并调整参数，获得最佳预测模型
· · （11）利用碎片替换、碎片链接、碎片生长以及BREED对晶体复合物中的小配体进行碎片化合物的生成，并对结果进行分析
· https://mp.weixin.qq.com/s/QuaA_s5zdFywMWBvKx20uA（安全公众号文章）
2021年05月15日-05月16日
2021年05月22日-05月23日