C/C++教程

TCGA 数据资源

本文主要是介绍TCGA 数据资源,对大家解决编程问题具有一定的参考价值,需要的程序猿们随着小编来一起学习吧!

1. cBio数据库 (https://www.cbioportal.org/)

   此数据库信息相对较全,日常可用

 

  左侧区域是各种癌症组织的研究,数字表示某肿瘤中研究个数。

  中间是所有研究,可根据左侧栏选择,默认显示全部。小书的图标点开可以下载pubmed文献资源及数据;

  饼图图标可以看某癌症详细分类、比例等信息,其他信息可随用随查

 

2. Firehose数据库(https://gdac.broadinstitute.org/)

 

 

3. R包RTCGA、RTCGAToolbox

  R包主要应对网速状况不好,防止下载数据不全的情况发生,可用R下载并分析

  RTCGA数据版本可能比较老,将就练习

  RTCGAToolbox的作用就是查询、下载和组织TCGA Firehose的数据,还提供一些简单的数据分析和可视化工具。除此之外,下载好的数据也可以很方便的导入到Bioconductor的其他分析流程中。对于R用户来说,所有的TCGA数据分析工作(从数据下载一直到可视化图表)都可在一个pipeline中完成,能够极大地提高工作效率。

这篇关于TCGA 数据资源的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对大家有所帮助,也希望大家多多支持为之网!